上海醫(yī)藥行業(yè)協(xié)會(huì)于1986年11月12日由上海醫(yī)藥行業(yè)22個(gè)單位倡議發(fā)起組建，并經(jīng)原中共上海市工業(yè)工作委員會(huì)和上海市經(jīng)濟(jì)委員會(huì)批準(zhǔn)于1987年1月5日正式成立，現(xiàn)址位于上海市黃浦區(qū)鳳陽路250號(hào)。
上海醫(yī)藥行業(yè)協(xié)會(huì)是以上海醫(yī)藥企事業(yè)單位為主體、自愿組織的社會(huì)經(jīng)濟(jì)團(tuán)體。1991年4月，根據(jù)《中華人民共和國(guó)社會(huì)團(tuán)體登記管理?xiàng)l例》的規(guī)定，經(jīng)上海市民政局批準(zhǔn)，以(91)滬社登字第50176818一1號(hào)獲得首批登記，具備社會(huì)團(tuán)體法人資格。2012年協(xié)會(huì)首批獲得“中國(guó)社會(huì)組織評(píng)估等級(jí)5A級(jí)”證書，2018年再次通過“中國(guó)社會(huì)組織評(píng)估等級(jí)5A級(jí)”復(fù)評(píng)。